Смерч образуется, когда холодный воздух вторгается на теплую поверхность воды. Воронкообразный вихрь воздуха и воды образуется над поверхностью моря и соединяется с кучевым облаком. В отличие от классического смерча, водяной смерч существует всего 15-30 минут, намного меньше в диаметре, скорость движения и вращения ниже в два-три раза, не обязан сопровождаться ураганным ветром.

Несмотря на то, что в основном водяные смерчи рождаются в тропических широтах, они могут появиться и, например, в Балтийском море. Здесь смерчи можно наблюдать в разное время года, но чаще всего, согласно наблюдениям, они происходят все-таки в самом конце лета и осенью.