По состоянию на 4 сентября, разрешены прямые авиарейсы из Эстонии в Кипр, Литву, Латвию, Норвегию, Германию, Словакию, Словению, Финляндию, Венгрию, Данию, Азербайджан, Белоруссию и Турцию.

Mинэкономики в своем решении о запрете и разрешении полетов в ту или иную страну исходит из уровня заболеваемости. Для того чтобы открыть маршрут, показатель заболеваемости в стране назначения должен составлять 25 или менее человек на 100 000 жителей в течение последних 14 дней.